С сентября 2004 года Кубанское бассейновое водное управление не осуществляет полномочия по государственному контролю за использованием и охраной водных объектов, надзору за соблюдением норм и правил безопасности ГТС. На территории Краснодарского края указанные полномочия осуществляет Управление Росприроднадзора по Краснодарскому краю и Республике Адыгея.

Это так. Но с Кубанского БВУ никто не снимал ответственность за осуществление контроля выполнения подписанных самим Кубанским БВУ договоров. Жалко, что сам договор не до конца сосканирован — надо бы посмотреть, как там записан контроль выполнения договорных обязательств.
На этот счет у Кубанского БВУ есть права

Права Управления
Управление в пределах своей компетенции имеет право:
Запрашивать у территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления, юридических и физических лиц информацию по вопросам, отнесенным к компетенции Управления.
Прекращать в установленном законодательством Российской Федерации порядке право пользования водными объектами.Привлекать в установленном порядке для проработки вопросов сферы деятельности Управления научные и иные организации, ученых и специалистов.
Создавать совещательные и экспертные органы для обсуждения актуальных вопросов сферы деятельности Управления.

Решения Управления, принятые в пределах его компетенции, являются обязательными для органов исполнительной власти, организаций и граждан.