Написано вот что: ПРИКАЗ
от 24 ноября 2008 г. N 1001

О ПОРЯДКЕ РЕГИСТРАЦИИ ТРАНСПОРТНЫХ СРЕДСТВ

24.4. Проведение регистрационных действий в отношении транспортных средств, собственниками (владельцами) которых являются физические лица, осуществляется в пределах субъекта Российской Федерации в любом регистрационном подразделении Госавтоинспекции.
как это на практике реализуется, не знаю

Ставьте где хотите вообще. Хоть в Мск, хоть в Краснодаре или Сочи — где вам будет удобно. Я тоже родился в одном месте, прописан в другом, а машину купил и поставил на учет у нас на пластунке. Вообще никаких проблем не возникло. Постановка на учет не привязана к месту жительства или прописке. Тут главную роль играет только то, где вы будете чаще на ней ездить. Так мне говорили в ГАИ. Т.е. если в Мск вы реально чаще, а в КК приезжаете, допустим, на лето — лучше тогда там поставиться =)